由於莫拉克颱風來勢兇兇，直撲花蓮而來，「2009花蓮水舞活動」的主辦單位花蓮縣政府為考量安全性，提供民眾安全的旅遊觀光環境，於8月6日宣布暫停所有的活動及演出，並進行相關的防颱措施。

星期一一上班，觀光旅遊處長林寶樹旋即與行銷科長張志翔、主辦人王維及當地社區協會理事長楊水中等一起陪同巡視鯉魚潭並視察水舞場地修復情形，林處長表示，莫拉克颱風稍微遠離後，工作人員立即著手進行檢視受損情況，水上舞台引道欄杆、浮桶及燈具因颱風的影響受到損壞，林處長並請廠商儘速完成水舞器材檢測作業提前在禮拜三恢復正常演出。

林處長表示，今年花蓮水舞受到全國民眾的一致好評，自6日宣布暫停演出後，主辦單位觀光旅遊處一直接獲民眾詢問何時恢復演出的電話，隨著莫拉克颱風遠離，花蓮縣政府在第一時間著手恢復開始進行活動相關設施的復原，「花蓮水舞」及「水舞接駁車」將訂於週三（12日）晚日恢復演出及行駛，歡迎全國鄉親扶老攜幼共同前往欣賞。